Il laboratorio di microbiologia è un luogo in cui si può apprezzare tutto ciò che non è visibile ad occhio nudo utilizzando i numerosi microscopi di cui è fornito.
Vi sono 24 microscopi ottici e 12 stereoscopi sistemati in postazioni individuali dove ogni alunno può lavorare.
Lo studio è rivolto alle parti di un vegetale, all'osservazione di una goccia d'acqua stagnante, all'allestimento di vetrini animali e vegetali.
Il docente ha a sua disposizione un potente e sofisticato microscopio ottico collegato ad un videoregistratore e ad un computer con cui è possibile archiviare e stampare le immagini; tutto ciò è collegato ad un televisore rivolto verso gli alunni. Attraverso il videoregistratore è possibile registrare le varie sequenze viste al microscopio.
L'osservazione al microscopio e la conoscenza di questo mondo meraviglioso, che appartiene ad una realtà  invisibile ad occhio nudo, affascina e interessa gli alunni a tal punto da stimolare in loro delle vere e proprie emozioni.